Unrechtmäßig abgesetzt und an einen unbekannten Ort verschleppt wurde der Patriarch der eritreischen orthodoxen Kirche bereits vor zwölf Jahren. Nun wurde Antonios von fünf dem Diktator Isayas Afewerki hörigen Bischöfen als Irrlehrer exkommuniziert. Der Patriarch fiel beim religionsfeindlichen Regime in Ungnade, weil er sich gegen Einmischung in kirchliche Angelegenheiten wehrte.
Grund für die Exkommunikation ist eine Videobotschaft, die Antonios aus der Gefangenschaft schmuggeln konnte. Darin beklagt er die Lage seiner Kirche unter „einem grausamen Tyrannen und verräterischen Klerikern“ und berichtet über seine angeschlagene Gesundheit ohne Pflege und Medikamente. Laut den regimetreuen Bischöfen habe er damit „protestantisierende Neigungen“ bewiesen, durch die er die Kirche zu einer „Versammlung von Häretikern“ gemacht habe. Antonios hat noch immer eine breite Anhängerschaft unter den Gläubigen in Eritrea und der Diaspora. Im Felsenkloster Bizen hatten Mönche bis zuletzt Antonios beim Gebet als rechtmäßiges Kirchenoberhaupt genannt und vor Pilgern für seine Befreiung gebetet. Nach der Exkommunikation tauchten Geheimpolizisten im Kloster auf und verschleppten fast die gesamte Bruderschaft.