Für seinen „progressiven, offenen, nach vorn gewandten Kurs“ war er zuletzt noch öffentlich gelobt worden. Doch genau diese Haltung war einem Teil der pietistisch beziehungsweise evangelikal geprägten Mitglieder des Gnadauer Gemeinschaftsverbands nun anscheinend doch zu forsch. Nachdem „eine Gruppe … ganz erhebliche Bedenken“ geäußert hatte, zog Michael Diener seine Kandidatur für eine dritte Amtszeit als Präses des Dachverbands von Gruppen dieser evangelischen spirituellen und kirchenpolitischen Strömung zurück.
Wie die Zeitschrift „idea Spektrum“ berichtet, war Diener „wiederholt bei Teilen der evangelikalen Bewegung angeeckt“. So hatte er sich etwa dafür ausgesprochen, homosexuelle Menschen in pietistischen Gemeinden mitarbeiten zu lassen. Auch wurde ihm eine unkritische Haltung zu umstrittenen Entscheidungen der EKD vorgeworfen, etwa bei deren positivem Votum für die sogenannte Ehe für alle. Die Gräben wurden noch tiefer, als Michael Diener den Dortmunder Kirchentag gegen die Kritik einer, wie er es formulierte, „bestimmten konservativ-frommen Blase von Mitchristen“ verteidigte.