Dass der deutsche Staat sich so schwer damit tut, politische Einflussnahme von islamischen Gruppierungen zu unterbinden, liegt auch daran, „dass die eigenen Kirchen so weitreichende Rechte genießen“. Das behauptet der islamkritische Politikwissenschaftler Hamed Abdel-Samad. Kirchliche Funktionäre seien „mitschuldig, weil der politische Islam in ihrem Schatten und durch deren Unterstützung seine Infrastrukturen ausbaut“, sagte er in der „Neuen Osnabrücker Zeitung“. Abdel-Samad sprach sich dafür aus, den Einfluss religiöser Gemeinschaften allgemein zu begrenzen. Dass Kirchenvertreter in Rundfunkräten und „anderen gesellschaftlichen Entscheidungsgremien“ säßen, entspreche nicht seinem Verständnis von einem säkularen Staat.
Ganz anders sieht die Frankfurter Islamforscherin Susanne Schröter das Problem eines zunehmend politischen und fundamentalistischen Islam. Sie wirft den Kirchen vor, überwiegend das unkritische Gespräch mit den konservativen Islamverbänden zu suchen, statt liberale Muslime einzubeziehen. „Gegen Gespräche mit den Islamverbänden wäre grundsätzlich nichts einzuwenden, wenn richtige Debatten geführt würden. Aber man lässt sich von diesen Islamvertretern auch noch die Agenda diktieren“, so die Ethnologin, Professorin an der Frankfurter Goethe-Universität und Leiterin des Forschungszentrums Globaler Islam in der „Jüdischen Allgemeinen“.
„Nur mit denjenigen zu reden, die liberale und säkulare Muslime immer wieder weggebissen haben“, sei sinnlos. „Ich verstehe, dass die Kirchen gern auf gut organisierte Verbände im Dialog zurückgreifen. Aber sie akzeptieren damit Gesprächspartner, die von ausländischen Organisationen oder gar Regierungen gesteuert werden.“
Außerdem seien die Christen „viel zu zurückhaltend“, weil sie meinen, Muslime seien eine unterprivilegierte Gruppe, die besonderen Schutz brauche. „Aber nicht alle Akteure sind so unterprivilegiert. Zudem kann man auch Minderheiten, die undemokratische Auffassungen vertreten, in aller Offenheit entgegentreten, statt sie unter eine Schutzglocke zu stellen und kritische Themen nicht mehr anzusprechen.“ Dazu zähle etwa die Verfolgung von Christen in islamischen Ländern. „Das Schweigen zur Verfolgung der Christen im Orient ist wirklich dramatisch. Das verstehe ich nicht. Warum schweigt man da?“