Die fast hundertjährige Geschichte der Zeitschrift „Diakonia“ lässt sich auf zwei Vorgängerpublikationen zurückführen: einerseits die im Jahr 1925 in Wien gegründete Zeitschrift „Der Seelsorger“, andererseits auf die im Jahr 1945 in Fribourg herausgegebene Zeitschrift „ANIMA“.
Die bewegte Geschichte „Diakonia“ lässt sich auf die ursprünglich vom Wiener Seelsorgeinstitut herausgegebene Zeitschrift „Der Seelsorger - Monatszeitschrift für zeitgemäße Homiletik, liturgische Bewegung und seelsorgerliche Praxis“ zurückführen, die im Jahr 1925 in Wien gegründet worden war und bereits damals im Verlag Herder erschien. Im Jahr 1938, wenige Monate nach dem „Anschluss Österreichs“ an das Deutsche Reich, wurde die Zeitschrift von den Nationalsozialisten verboten. Unmittelbar nach dem Zweiten Weltkrieg erschien die Zeitschrift im Jahr 1945 wieder, nun mit dem neuen Untertitel „Monatszeitschrift für alle Bereiche priesterlicher Reich-Gottes-Arbeit“. Herausgegeben wurde die Zeitschrift vom damaligen Leiter des Wiener Seelsorgeamtes Karl Rudolf. Zwanzig Jahre später, im Jahr 1965, inzwischen hatte der Laientheologe Dr. Helmut Erharter die Schriftleitung übernommen, wurde der Untertitel der Zeitschrift im Zusammenhang mit einer konzeptionellen Neuausrichtung abermals geändert und lautete nun Zweimonatsschrift für Praxis und Theorie des kirchlichen Dienstes.
Parallel zum Nachkriegs-Erscheinen der vom Wiener Seelsorgeinstitut herausgegebenen Zeitschrift „Der Seelsorger“ wurde ebenfalls im Jahr 1945 am Seelsorgeinstitut der Universität Fribourg die Zeitschrift „ANIMA - Vierteljahreszeitschrift für Praktische Theologie“ gegründet. Die Zeitschrift, die auf eine Initiative des Pastoraltheologen Franz Xaver zurückzuführen ist, erschien im Walter-Verlag (Olten)
Im Jahr 1970 fusionierten die beiden Zeitschriften „Der Seelsorger“ und „ANIMA“ zur Zeitschrift mit dem Titel „Diakonia/Der Seelsorger. Internationale Zeitschrift für praktische Theologie". Die neue Zeitschrift erschien nun als gemeinsame Publikation der Verlage Herder und Matthias-Grünewald-Verlag (Mainz). Zwei Jahre später, im Jahr 1972, wurde der Untertitel abermals geändert in „Internationale Zeitschrift für die Praxis der Kirche“. Die Redaktion begründete den Wechsel des Untertitels programmatisch, „da dieser Titel wie kaum ein anderer zum Ausdruck bringt, dass das Volk Gottes und insbesondere das Wirken der Presbyter und Bischöfe, Diakone und Pastoralreferenten, Theologen und Lehrer und aller anderen ‚ministri‘ nicht Selbstzweck ist, sondern Dienst an den Menschen in ihrer jeweiligen Situation; an ihrem Glauben und ihrer Freude, an ihrer Brüderlichkeit, Gerechtigkeit und Hoffnung." (Wort der Redaktion, Heft 1, 1972). Im Jahr 2006 übernahm der Verlag Herder die alleinige Verantwortung für die praktisch-theologisch ausgerichtete Publikation.
Schriftleiter der „Diakonia“ waren Helmut Erharter, Veronika Prüller-Jagenteufel, Michael Felder, Rainer Bucher und Doris Nauer. Im Jahr 2020 hat Klaus Vellguth die Schriftleitung „Diakonia“ übernommen.