Die Frage nach Anzahl und Profil der Katholisch-Theologischen Fakultäten ist in Bayern derzeit besonders virulent. Dort steht die Kirche vor der Alternative, entweder der Schließung bestehender Fakultäten zuzustimmen oder einer Schwächung aller Fakultäten in Kauf zu nehmen. Das Bayerische Konkordat enthält eine Bestandsgarantie für die Fakultäten: Neuverhandlungen mit dem Ziel einer Reduzierung wären aber geboten.