Die Bistümer Hamburg und Eichstätt sind finanziell schwer in Bedrängnis geraten. Das Erzbistum Hamburg hat im Januar angekündigt, 8 seiner 21 Schulen zu schließen, weil die Wirtschaftsprüfungsgesellschaft Ernst & Young eine Überschuldung in der Bilanz von 2017 in Höhe von 79 Millionen Euro festgestellt hat. Wenn keine einschneidenden Maßnahmen ergriffen werden, werde die Überschuldung bis 2021 auf 353 Millionen Euro anwachsen, prognostizierten die Wirtschaftsprüfer. Das Bistum habe bei seiner Gründung 1995 „Altlasten“ übernommen, darunter Pensionsverpflichtungen bei den Lehrern und einen großen Sanierungsstau bei den Schulen und diese Altlasten nicht abgebaut, heißt es im Bericht der Wirtschaftsprüfer. „Das Erzbistum hat ohne Betrachtung der Altlasten über seine Verhältnisse gelebt.“ Zahlreiche Eltern protestierten gegen die geplante Schließung der Schulen. Eine private Initiative um den Hamburger Rechtsanwalt Christian Bernzen möchte eine Genossenschaft gründen und alle 21 katholischen Schulen übernehmen. Die Initiative hofft, 10 000 Spender zu motivieren, jeweils 1000 Euro einzuzahlen. Die Regierungsfraktionen von SPD und Grünen in der Hamburger Bürgerschaft haben das Erzbistum aufgefordert, „ergebnisoffene Gespräche“ zum Erhalt der Schulen zu führen und der sich gründenden Genossenschaft „eine echte Chance“ zu geben. Das Erzbistum möchte allerdings die 13 finanziell soliden Schulen in eigener Trägerschaft halten.
Das Bistum Eichstätt ist zwei Betrügern aufgesessen, die bei Anlagen von Bistumsgeldern auf dem US-Immobilienmarkt durch ungesicherte Kredite dem Bistum einen Schaden von bis zu 48,2 Millionen Euro zugefügt haben. Einer der beiden Betrüger war der stellvertretende Finanzdirektor des Bistums. Der Eichstätter Bischof Gregor Maria Hanke hatte im Juli 2017 gegen ihn und seinen Kompagnon Strafanzeige erstattet. Beide sitzen in Untersuchungshaft. Der Vorwurf lautet auf Untreue, Bestechung und Bestechlichkeit. Der Münsteraner Kirchenrechtler Thomas Schüller hat den Skandal in der „Süddeutschen Zeitung“ als „Abgrund aus systemischem Versagen und Betrug im Umgang mit kirchlichem Vermögen“ bezeichnet und mehr Kontrolle gefordert.