Anlässlich des 600-jährigen Jubiläums der Katholischen Universität Löwen in Belgien, die seit 1968 in einen flämischen und einen wallonischen Teil geteilt ist, besuchte Papst Franziskus vom 26. bis 29. September Luxemburg und Belgien. Er erlebte neben herzlicher Gastfreundschaft teils ungewohnt scharfe Kritik von staatlicher und akademischer Seite. Beobachter sprachen von einer der kirchenpolitisch schwierigsten Missionen seiner Amtszeit. Zu den brisanten Themen gehörten die nicht abgeschlossenen Skandale in beiden Ländern, in denen die Katholikenzahlen rasant sinken. Vor allem die Kirche in Belgien kämpft mit einem Vertrauensverlust wegen des Missbrauchs von Minderjährigen durch Geistliche und wegen Zwangsadoptionen, die Ordensfrauen gegen Geld vermittelten. Auf Ablehnung stießen Franziskus’ Äußerungen über die Rolle der Frau und die Begründung des überraschend angekündigten Seligsprechungsprozess für den belgischen König Baudouin.
In Luxemburg wurde Papst Franziskus von Großherzog Henri und Premierminister Luc Frieden, in Belgien vom Königspaar und Premierminister Alexander De Croo empfangen. Neben Begegnungen mit katholischen Vertretern sprach Franziskus in Belgien mit Missbrauchsopfern, besuchte ein Heim für ältere Menschen, frühstückte mit Obdachlosen und Migranten und betete vor dem Grab König Baudouins. Spontan trank er in einer Luxemburger Bar einen Espresso und besuchte unangekündigt das belgische Jugend-Event „Hope Happening“. Den Höhepunkt bildete die Abschlussmesse im König-Baudouin-Stadion von Brüssel vor rund 40.000 Menschen, zu deren Beginn der Papst Schwester Anna von Jesus (1545–1621) seligsprach.
Das Thema Missbrauch dominierte die Ansprachen des Papstes, der „das Übel“ verurteilte und die Bestrafung der Schuldigen forderte – Bischöfe eingeschlossen. Und das Thema Frauen rief Kontroversen hervor. Der flämische Rektor fragte, ob eine Kirche, in der Frauen Priesterinnen werden dürfen, nicht eine freundlichere Kirche sei. In der wallonischen Universität appellierten Studierende, Frauen nicht auf Mütterlichkeit und Hingabe zu reduzieren. Der Papst führte aus, die Kirche sei weiblich, deshalb seien Frauen wichtiger als Männer. Es sei „hässlich“, wenn sie sich zu Männern machen wollten.
Franziskus’ Position hinsichtlich des Abtreibungsgegners Baudouin, dass Abtreibung Mord und Ärzte, die sie vornehmen, Auftragsmörder seien, lösten eine diplomatische Krise aus. De Croo nannte sie „inakzeptabel“ und bestellte den Vatikan-Botschafter ein.