Die Estnische Christlich-Orthodoxe Kirche soll endgültig mit dem Patriarchat von Moskau brechen. Das Parlament stimmte auf Initiative des Innenministers Lauri Läänemets einem Gesetzentwurf zu, wonach in Estland tätige religiöse Organisationen nicht mit einem ausländischen Regierungsorgan in Verbindung gebracht werden dürften, das eine Bedrohung für den Staat darstellt. Hintergrund ist die Billigung des russischen Angriffskriegs gegen die Ukraine durch die Russisch-Orthodoxe Kirche.
Der Gesetzentwurf legt fest, wer als Geistlicher tätig sein darf; ausgeschlossen werden sollen Personen, die wegen einer Straftat verurteilt wurden oder die kein Aufenthaltsrecht besitzen, und stellt Anforderungen an das Statut einer Religionsgemeinschaft. Um in Kraft zu treten, muss er in Zweiter und Dritter Lesung verabschiedet und vom Präsidenten unterzeichnet werden.
Die Kirche untersteht dem Oberhaupt der Russisch-Orthodoxen Kirche, Patriarch Kyrill I. Sie betont, dass sie ihre finanziellen und organisatorischen Entscheidungen unabhängig treffe und sich bereits von Moskau losgesagt habe. Bis August 2024 nannte sie sich „Estnische Orthodoxe Kirche des Moskauer Patriarchats (EOK-MP)“, seitdem verzichtet sie auf den Zusatz „des Moskauer Patriarchats“. Da dies für ein Bezirksgericht nicht ausreichte, nennt sie sich seit Januar „Estnische Christlich-Orthodoxe Kirche“, auch um sich von der zweiten orthodoxen Kirche in Estland abzuheben. Die Estnische Apostolisch-Orthodoxe Kirche untersteht dem Patriarchat von Konstantinopel. Orthodoxe Christen machen etwa 16 Prozent der Bevölkerung aus.
Der russische Metropolit Eugeni musste im Februar 2024 Estland verlassen, weil die Behörden seine Aufenthaltsgenehmigung aus Sicherheitsbedenken nicht verlängerten. Eugeni sieht durch das geplante Gesetz die Religionsfreiheit bedroht; seine Kirche habe sich mehrfach öffentlich gegen den Krieg ausgesprochen. Von der Gesetzesänderung wäre auch das Nonnenkloster Pühtitsa in Kuremäe betroffen, das direkt dem Moskauer Patriarchen untersteht. Die Äbtissin erklärte, dass das Kloster seine kanonische Verbindung zu seiner Mutterkirche nicht eigenmächtig brechen könne.