In der alten Kirche sahen Theologen und Konzilien die Identität wesentlicher Glaubensinhalte, d. h. die auf die Apostel zurückgehende Tradition, besonders in der Christologie, durch Sonderwege der Interpretation oder durch Leugnungen bedroht. Dabei wurde die produktive Kraft von Auseinandersetzungen nicht geleugnet. Zunehmend wurde die Tendenz zu eigenen Gemeinschafts- oder Kirchengründungen als lebensbedrohend empfunden. Die kirchlichen Autoritäten reagierten mit heftigen Maßnahmen (Bann) gegen die Häresie Dabei scheuten sie die Inanspruchnahme staatlicher Gewalt (Inquisition) nicht, wobei sie sich auf Augustinus († 430) berufen konnten, der Gewaltanwendung gegen Häretiker gutgeheißen hatte. In den orthodoxen Ostkirchen und den aus der Reformation hervorgegangenen Kirchen wird an einem Grundbestand verbindlich formulierter Glaubenswahrheiten (Apostolisches Glaubensbekenntnis, erste Ökumenische Konzilien) und damit an der Möglichkeit von Häresie und an Verfahren gegen Häretiker festgehalten.
In der heutigen katholischen Theologie wird zwischen einer „materiellen Häresie“, wenn jemand objektiv einer Häresie anhängt, ohne sich dessen bewusst zu sein, und einer „formellen Häresie“, wenn jemand einer Häresie auch subjektiv und hartnäckig anhängt, unterschieden. Seit den Erkenntnisfortschritten durch die Aufklärung und im Zusammenhang mit Ökumenischen Gesprächen über Lehrunterschiede setzen theologische Besinnungen über tiefere Verständnismöglichkeiten und angemessenere Verhaltensweisen gegenüber den Problemen der Häresie ein. Historische Untersuchungen haben gezeigt, dass eine vehement bekämpfte Häresie eigentlich ein nonkonformer Sprachgebrauch (eine bloß „verbale Häresie“) und den kirchlichen Folgen nach ein Schisma sein konnte. Sie ergaben ferner, dass sich eine reale Häresie in eine bloß verbale zurückentwickeln kann und dass Exkommunikationen aufgehoben werden können. Eine Häresie kann auch der Anlass dafür sein, eine kirchliche Lehre zu vertiefen oder eine Praxis zu korrigieren, so dass sie eine positive Funktion für Christentum und Kirche haben kann. Auch eine Schuld, die nicht sein soll, bleibt umfangen vom Willen und der Liebe Gottes.
Wenn die Kirche sich nicht von vornherein gegen den Widerspruch versperrt, sondern hört, und nicht einen starren Wahrheitsbesitz unerbittlich verteidigt, dann kann die Kirche ihre eigene Wahrheit deutlicher kennenlernen. Das schließt die Pflicht zur Unterscheidung der Geister und zur Wahrung der Einheit der Kirche nicht aus. Im heutigen katholischen Kirchenrecht bezeichnet der Begriff Häresie nicht die Glaubensüberzeugungen in den von Rom getrennten Kirchen. Häresie bedeutet vielmehr die Trennung eines katholischen Christen von der kirchlichen Gemeinschaft durch hartnäckiges Leugnen einer verbindlichen Glaubenswahrheit oder auch den öffentlichen Glaubensabfall. Diese Häresie hat die von selbst eintretende Exkommunikation zur Folge.
Quelle: Herbert Vorgrimler: Neues Theologisches Wörterbuch, Neuausgabe 2008 (6. Aufl. des Gesamtwerkes), Verlag Herder