Im Lauf der Geistesgeschichte wurde der Begriff „natürlich“ in diesem Zusammenhang unterschiedlich gedeutet (Ontologie als Natürliche Theologie, weil sie notwendigerweise eine Aussage über die „Natur“ Gottes, sein absolutes Sein, machen müsse; „Natur“ im Sinn der erfahrbaren Schöpfungswirklichkeit als Ausgangspunkt der Theologie; „natürliche Erkenntnis“ im Unterschied zu „Offenbarungserkenntnis“ usw.).
Die neuscholastische Natürliche Theologie hatte ihren Schwerpunkt bei der Erkennbarkeit Gottes (seiner Existenz, seines Wesens und seiner Eigenschaften), die mittels der „natürlichen“ Vernunft auch ohne Offenbarung „aus den geschaffenen Dingen“ möglich sei (so das I. 3Vaticanum).
Die Reformatoren leugneten eine Gotteserkenntnis durch die Vernunft nicht schlechthin; in der sogenannten altprotestantischen Orthodoxie wurde sie positiv gelehrt. Einen vehementen Angriff führte K. Barth († 1968) in den 30er Jahren gegen die Natürliche Theologie, da Jesus Christus die einzige Offenbarung Gottes sei. Dabei wurde die menschliche Vernunft stark abgewertet. Die Diskussion hierüber wird unter Beteiligung der katholischen Theologie bis zur Gegenwart weitergeführt.
Weitgehende Übereinstimmung besteht darin, dass alle faktische Gotteserkenntnis von der zuvorkommenden Gnade Gottes ermöglicht und getragen ist (was durch das I. Vaticanum nicht bestritten wurde), dass der Glaube zwar nicht durch Vernunftbeweise „verifizierbar“ sei, aber durch Vernunftgründe als nicht widersprüchlich und sinnvoll aufgezeigt und vertieft werden könne. Da der Begriff Natürliche Theologie im Sinn des Extrinsezismus missverstanden werden könne, als habe jemals eine „reine Natur“ existiert, der das Übernatürliche additiv hinzugefügt worden sei, müsse er abgelehnt und z. B. durch „philosophische Gotteslehre“ ersetzt werden.
Quelle: Herbert Vorgrimler: Neues Theologisches Wörterbuch, Neuausgabe 2008 (6. Aufl. des Gesamtwerkes), Verlag Herder